Nei 24 comuni capoluogo il Movimento 5 stelle ha preso in media il 15,5% dei voti e in 6 di questi comuni non si è nemmeno presentato (uno su quattro). Su 18 comuni in cui si presenta, il M5s non arriva neanche al 10% in 4 comuni; non arriva al 20% in 11 comuni; supera il 20% solo in 3 comuni, dei quali solo in uno (Roma) va sopra al 30%. Rispetto alle europee 2014, il M5s nei comuni capoluogo perde punti in 14 comuni su 18, calando in media dell’8%, con crolli che hanno avuto punte anche del 18% a Isernia, del 17% a Cagliari e Carbonia, del 16% a Napoli, del 15% a Olbia e Brindisi. Nei piccoli comuni è andata anche peggio.
| Comune | M5s | Posizione M5s | M5s 2014 | diff. 2014/2016 | Pd | liste civiche | |
| Novara | 16 | 3° | 18,4 | -2,4 | 23,3 | 4,6 | |
| Torino | 29,9 | 1° | 21,7 | 8,2 | 29,7 | 10 | |
| Milano | 10,3 | 4° | 14,2 | -3,9 | 28,9 | 8,1 | |
| Varese | – | 24 | 8,1 | ||||
| Savona | 24,3 | 1° | 24 | 0,3 | 22 | 5,5 | |
| Bologna | 16,6 | 2° | 15,3 | 1,3 | 35,5 | 1,5 | |
| Ravenna | – | 35,1 | |||||
| Rimini | – | 33,4 | 16,2 | ||||
| Grosseto | 18,6 | 2° | 20 | -1,4 | 18,8 | 9,4 | |
| Latina | – | 12,3 | 10,3 | ||||
| Roma | 35,4 | 1° | 24,9 | 10,5 | 17,1 | 5,5 | |
| Isernia | 7,5 | 4° | 26,2 | -18,7 | 7,9 | 13,6 | |
| Benevento | 12,4 | 2° | 25,8 | -13,4 | 17 | 26,4 | |
| Caserta | – | 11,5 | 26,3 | ||||
| Napoli | 9,7 | 3° | 26,4 | -16,7 | 11,6 | 5,1 | |
| Salerno | – | 59,5 | |||||
| Brindisi | 13,3 | 1° | 28,9 | -15,6 | 10,9 | 22,2 | |
| Cosenza | 2,3 | 19° | 24,7 | -22,4 | 7 | 10,7 | |
| Crotone | 10,4 | 3° | 22,7 | -12,3 | 13 | 23,2 | |
| Cagliari | 8,8 | 2° | 26,3 | -17,5 | 19,2 | ||
| Carbonia | 18,7 | 1° | 36,5 | -17,8 | 17,9 | 10,1 | |
| Olbia | 16 | 2° | 31,1 | -15,1 | 14,7 | 12,1 | |
| Trieste | 17,5 | 2° | 19,9 | -2,4 | 18,2 | 5,2 | |
| Pordenone | 11,8 | 3° | 16,6 | -4,8 | 17,6 | 17,1 | |
| Media | 15,5 | -8,0 | 19,4 | 14,1 |